مرتضی نی‌داوود سال 1279 در تهران به دنیا آمد. او ذوق آهنگسازی کم نظیری داشت. استعداد وی در موسیقی در همان اوان کودکی آشکار شد و پدرش «بالا خان» که خود اهل موسیقی بوده و با تار و تنبک آشنایی داشت، او را به درس آقا حسینقلی استاد تار برد.
مرتضی خان دو سال نزد آقا حسینقلی و سه سال نزد شاگرد برجسته او درویش خان ردیف موسیقی و تار نوازی را آموخت. نی‌داود در بیست سالگی به تأسیس کلاسی برای تدریس تار و ردیف موسیقی ایرانی اقدام کرد که بعدها پس از مرگ نابهنگام استادش درویش خان ادامه آموزش شاگردان استادش را نیز برعهده گرفت.
آشنایی او با قمرالملوک وزیری منجر به کشف یکی از بزرگ‌ترین استعدادهای آواز ایرانی می‌شود و آوازهای قمر از سال ۱۳۰۳ به بعد با تار مرتضی خان نی‌داوود همراه بوده است.
نی داوود پس از تأسیس رادیو مانند هنرمندان دیگری چون رضا محجوبی، علی اکبر شهنازی... به همکاری با رادیو پرداخت. سال ۱۳۵۹ به آمریکا مهاجرت کرد، مرداد سال ۱۳۶۹ در سن نود سالگی دارفانی را وداع گفت.